Denna inställning är dock främst förknippad med underhållsfasen av Atkinsdieten. Den första fasen, induktionsfasen, är desto mer kontroversiell. Läkare världen över tvistar än idag om dess hälsosamma kontra ohälsosamma effekter, och studier har gjorts som pekar åt båda håll. Induktionsfasen går nämligen ut på att man försätter kroppen i ketos. Ketos är ett tillstånd i vilket kroppen förbränner fett istället för kolhydrater. Levern sönderdelar då fettmolekyler och omvandlar deras beståndsdelar till såkallade ketoner, som kan användas till energi av kroppens celler. Traditionellt förknippas detta tillstånd med kronisk svält, men hela LCHF-dieten bygger exempelvis på just ketos.
Atkinsdieten rekommenderar att man under induktionsfasen inte äter mer än cirka 20 gram kolhydrater dagligen, att jämföra med 250-350 gram vid normal kosthållning. Resten av energin bör komma från fett och protein. Detta försätter ganska snart kroppen i ketos, och induktionsfasen pågår i fjorton dagar eller till dess att man tappat en tiondel av sin övervikt. Här kan vi tipsa om bra shiratakinudlar utan kolhydrater.
Därefter inleds viktminskningsfasen, i vilken man få öka kolhydratintaget med två gram om dagen varje vecka (vecka 1 – 22 gram, vecka 2 – 24 gram osv.). Denna fas genomförs och upprätthålls till dess att man bara har några kilon kvar till sin målvikt. Målet är att man själv ska se vid vilken nivå av kolhydratintag man behåller eller tappar vikt vid, och hålla sig där för att leva så bra som möjligt men ändå gå ner i vikt. Förr eller senare kommer dock kroppen att gå ur sitt ketostillstånd, så varför man ens ska gå in i det potentiellt farliga tillståndet från början har debatterats flitigt.
I den sista fasen, underhållsfasen, är tanken att man ska ha en hållbar diet som man kan äta efter under resten av sitt liv. Det dagliga kolhydratintaget kan öka med 10 gram per vecka till dess att viktminskningen avstannat helt, och man har då nått sin balans. Socker och transfetter undviks fortfarande helt, men frukt och en del spannmål kan ätas med måtta. Trots att det handlar om att väga mat och mäta kalorier anses Atkinsdieten vara en av de enklare att hålla, framför allt eftersom man sällan behöver gå hungrig. Några begränsningar kring protein och fett finns nämligen inte alls.